Decíamos antes que a peligrosidad del pH para un organismo no está determinado por el Catión (H+) sino por el anión que está unido a él.
Si este radical anión es cloro, la reacción ácida será ácido clorhídrico; pero si es un nitrato (NO₃), a pesar de tener el mismo valor de pH que antes, los efectos biológicos serán completamente diferentes, puesto que se deberán al ácido nítrico.
Un pH = 4 producido por una sal mineral (sulfato de sodio; cloruro de sodio) es peligroso; en cambio, el mismo valor de pH producido por ácido húmico, no sólo no es peligroso sino que en determinadas circunstancias hasta puede ser útil.

Los detritus de los peces (materia fecal, orina), los animales  muertos, las hojas y otras partes de las plantas muertas y los restos de comida, al entrar en putrefacción originan, entre otras sustancias, amoníaco (NH₃). El amoníaco es un gas con existencia propia, en tanto que el radical amonio sólo existe como parte de un compuesto, tal como el hidróxido de amonio (NH₄OH) o el cloruro de amonio (NH₄Cl). El amoníaco es venenoso, aún en bajas concentraciones, en tanto que el radical amonio sólo lo es en altas concentraciones.

La siguiente tabla demuestra que el efecto venenoso del amoníaco es tanto mayor cuanto mayor es el pH del agua, o sea cuanto más alcalina sea esta.

En las aguas naturales, la cantidad de amoníaco no supera la cantidad de 0,1 mg/l (0,1 partes por millón).
La tolerancia fisiológica de los peces al amoníaco depende de los siguientes factores:

1. Tipo y tamaño del pez

2. Estado general de salud

3. Del exceso de anhídrido carbónico y déficit de oxígeno

4. Del equilibrio electroquímico.

Ya con 0,2 a 0,5 mg/litro se produce un aumento de la frecuencia respiratoria. Con 1 mg/litro se produce la muerte, pero en determinadas circunstancias, algunos peces resisten hasta 2 mg/litro.

El efecto tóxico puede confundirse con la falta de oxígeno o exceso de anhídrido carbónico, pero ya veremos, más adelante, como podemos diferenciar una situación de otra.

Cuanto menor sea el pH del agua (es decir cuanto más ácida sea), mayor será la concentración del radical amonio no venenoso. Por el contrario cuanto más alcalina es el agua (o sea cuanto más alto sea el pH), mayor será la liberación de amoníaco venenoso, a partir de las sales de amonio. La siguiente tabla es muy ilustrativa:

El conocimiento de la cantidad de radical amonio es importante antes del cambio de agua y de cada manipulación química. Casi todas las catástrofes que se atribuyen al cambio de agua podrían evitarse midiendo previamente el contenido de iones de amonio.
Si el agua del acuario es lo suficientemente vieja y su coloración es amarillenta, indudablemente el pH es bajo. Al agregar agua nueva, aún de pH neutro, se elevará el pH y si antes había sales de amonio (por ejemplo Nitrato de Amonio), se producirá la liberación de amoníaco tóxico. Resultado: muerte inexplicable de los peces.
La tendencia general es atribuirle la responsabilidad al cloro o a razones misteriosas.

De la tabla anterior deducimos que con un pH = 7, se encuentra 1% de amoníaco tóxico, en tanto que el 99% restante (en forma de ión amonio) es inocuo. Con un pH menor de 6,6 se interrumpe la nitrificación, o sea que el amoníaco no puede ser transformado por las bacterias. Esto es un inconveniente, pues las bacterias transforman el amoníaco en nitratos, y estos no son tóxicos. Por encima de cierto límite, el nitrato se torna tóxico.

Las aguas de bajo pH (ácidas), contienen un alto porcentaje del ión amonio (30-40 mg/litro no resulta nada raro). Por lo tanto, si se cambia el 50% del agua, habrá una aguda intoxicación por amoníaco si en el agua vieja había suficiente cantidad de iones amonio, que liberasen amoníaco por el aumento del pH.

Los síntomas de intoxicación son:

• irritación del sistema nervioso

• espasmos

• saltos fuera del agua

Más tarde, las partes distales ⁽¹⁾ de las aletas se tornan blancas o transparentes, perdiendo su color original. Las sales de amonio producen secreciones de la piel y destrucción branquial. Con bajas concentraciones de oxígeno, la toxicidad del amoníaco aumenta a medida que lo hace el contenido de oxígeno, pero esta condición se invierte cuando el contenido de oxígeno supera el 59% del valor de saturación del aire. El anhídrido carbónico reduce la toxicidad del amoníaco hasta concentraciones de 15-60 ppm (mg/litro), pero a concentraciones mayores aumenta la toxicidad.

Debe tenerse muy en cuenta que el gas amoníaco es muy difícil de remover del acuario por simple aireación. Sin embargo, la aireación favorece el desarrollo de las bacterias Nitrosomonas, Nitrobacter y Nytrocistys, de la cuales la primera oxida el amoníaco, transformándolo en nitritos, en tanto que las restantes oxidan los nitritos, convirtiéndolos en nitratos, de carácter inocuo para los peces.

Si el análisis del agua señala un alto contenido de nitratos y uno bajo de amoníaco, significa que se está realizando correctamente el proceso de oxidación de los residuos orgánicos.

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(*) Distal:  Se dice de la parte de un órgano o estructura cualquiera alejada del lugar de unión o articulación, sea hacia el extremo o la periferia. Antónimo: proximal  (volver)