Los axolotes, al ser urodelos, poseen una contextura anguiliforme y desnuda (sin escamas ni caparazón). Es un animal robusto con un cuerpo alargado y surcado a ambos lados por costillas, fácilmente reconocibles, a lo largo de su tronco.  
La cabeza es grande y aplanada con pequeños ojos sin párpados. Tiene un hocico obtuso y en su boca posee pequeños dientes ubicados en hileras a modo de serrucho, que le sirven para atrapar y engullir su alimento, pero no para masticarlo.  

En la base de la cabeza, en lo que seria el cuello, y a ambos lados están las branquias. Estas son como ramas bien rojas, sobre todo en los animales blancos o albinos parciales, que mueve cada aproximadamente tres o cuatro segundos para respirar. Vale la pena aclarar que el axolote, al igual que la mayoría de los anfibios, cuenta con tres tipos de respiración; pulmonar, a través de su piel y a través de sus branquias.

Todo a lo largo del animal, desde las branquias hasta la cola aparece sobre el lomo un pliegue cutáneo, como una cresta, que lo ayuda para desplazarse por medio de ondulaciones de su cuerpo, logrando nadar con gran velocidad y propulsión. Dicho pliegue dorsal que va aumentando de tamaño a medida que nos acercamos a la cola.

La cola es de gran tamaño, llegando a medir casi la mitad del cuerpo del axolote.

Las extremidades delanteras son pequeñas y cuentan con cuatro dedos, las traseras de un tamaño similar o un poco mayor poseen cinco dedos. Las cuatro patas no son palmeadas, esto quiere decir que no cuentan con membrana interdigital como las ranas y los sapos.

La coloración del axolote varia según la edad, a medida que crecen y se hacen mas adultos, sus tonalidades cambian levemente. Igualmente se los separa, según su color, en grandes grupos. El silvestre o salvaje es de color grisáceo llegando a un verde amarronado; los albinos parciales o semi-albinos son blancos de ojos negros y en ocasiones tienen en la cabeza pequeñas pigmentaciones obscuras, además sus branquias son de color rojo muy intenso; por ultimo el axolote albino o albino dorado que es de color amarillo claro o blanco muy distinguido sin ningún tipo de pigmentación en su cuerpo, los ojos (en la gran mayoría) son rojos o totalmente transparentes y amarillentos.